Więźniowie, których 2.09.1939 r. przywieziono na teren przyszłego obozu na skraju wsi Stutthof weszli w skład kilku komand roboczych, które do końca 1939 r. wykonywały niezbędne prace związane z niwelacją terenu (komando Planierung), dostarczaniem budulca (Waldkolonne zwane też Waldkommando i Transporkolonne inaczej nazywane Wagenkolonne lub Rollwagen) oraz budową pierwszych baraków mieszkalnych i administracyjnych oraz części gospodarczej (warsztat stolarsko-ciesielski, komando elektryków, komando zdunów).
Jednym z pierwszych komand, które wówczas powstało było komando leśne (Waldkommando), dostarczające materiał budowlany służący do budowy baraków, czyli drewno. Komando to stanowiło też rodzaj karnej kolumny roboczej dla pierwszych więźniów obozu. Praca w Waldkommando często traktowana była przez więźniów na równi z wyrokiem śmierci w styczniu 1940 r.,
W styczniu 1940 r. na terenie obozu Stutthof odbyło się posiedzenie policyjnego sądu doraźnego (Standgericht). Skazani na śmierć z wyroku zostali rozstrzelani w dwóch grupach w lesie w pobliżu obozu. Pierwszą grupę, 22 osoby – działaczy gdańskich, w tym księży: bł. ks. Franciszka Rogaczewskiego, ks. Bernarda Wieckiego, ks. Władysława Szymańskiego, Antoniego Lendziona, Franciszka Kręckiego, kolejarzy oraz członków Rady Portu i Dróg Wodnych rozstrzelano 11.01.1940 r.
Drugą grupę, liczącą 67 osób rozstrzelano w Wielki Piątek 1940 r., o czym pisze ks. Zygmunt Wiecki:
Kiedy przyszedł post, przed Wielkim Piątkiem zaczęto nagle wszystkich spisywać, Polaków i nie Polaków. Zrobiono z nich karną kompanię, ten spis miał miejsce na dwa lub trzy tygodnie przez Wielkim Piątkiem. Spisano wtedy także księży Gdańszczan: ks. Góreckiego Mariana i ks. Komorowskiego.
Miejscem kaźni pierwszych więźniów był również obóz Grenzdorf. Tam 20 marca 1940 r. został zamordowany Alf Liczmański.